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RemoteAppでアプリケーションを利用するためには、まずサーバー側にアプリケーションをインストールしなければならない。

ターミナルサーバー上にアプリケーションをインストールするには、通常のアプリケーションインストールではなく、コントロールパネルにある［ターミナルサーバーへのアプリケーションのインストール］を使ってインストールする（コマンドラインから「Change user /install」を実行後、アプリケーションをインストール。インストール終了後、「Change user /execute」を実行）。

もうひとつ必要なのは、アプリケーションのアクティベーションなどをターミナルサーバーの管理者ユーザーとして実行しておくことだ。アプリケーションによっては、RemoteApp（リモートデスクトップ接続でも）で実行するとエラーが起こる場合もある（Officeなどは、事前にアクティベーションが必要）。

インストールが済んだアプリケーションをRemoteAppで使用するには、ターミナルサーバー側にアプリケーションを登録する必要がある。

RemoteAppにアプリケーションを登録するには、サーバーマネージャの［役割］→［ターミナルサービス］→［TS RemoteAppマネージャ］を表示する。右側のパネル（操作）にある［RemoteAppプログラムの追加］をクリックして、ウィザードに従いアプリケーションを登録する。すると、TS RemoteAppマネージャの［RemoteAppプログラム］という項目に登録したアプリケーションが表示される。